.htaccess когда php не как модуль апача а как cgi скрипты

просто добавляете в .htaccess в начало 2 строки (согласно линка http://www.mikeyboldt.com/2012/12/10/configure-htaccess-to-use-fastcgi-for-php/)

AddHandler fcgid-script .php
Options +ExecCGI

3 строку из источника не нужно.